如何理解對GEO數據庫中的數據進行差異分析的工具GEO2R

如何理解對GEO數據庫中的數據進行差異分析的工具GEO2R，很多新手對此不是很清楚，為了幫助大家解決這個難題，下面小編將為大家詳細講解，有這方面需求的人可以來學習下，希望你能有所收獲。

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GEO數據庫中的數據是公開的，很多的科研工作者會下載其中的數據自己去分析，其中差異表達分析是最常見的分析策略之一，為了方便大家更好的挖掘GEO中的數據，官網提供了一個工具GEO2R, 可以方便的進行差異分析。

從名字也可以看出，該工具實現的功能就是將GEO數據庫中的數據導入到R語言中，然后進行差異分析，本質上是通過以下兩個bioconductor上的R包實現的

1. GEOquery

2. limma

GEOquery用于自動下載GEO數據，并讀取到R環境中；limma是一個經典的差異分析軟件，用于執行差異分析。

一組樣本在GEO數據庫中用series表示，比如GSE25724, 包含了case和control兩組樣本，case組包含6個生物學重復，control組包含7個生物學重復，共13個樣本，鏈接如下

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE25724

在網頁上可以看到GEO2R的按鈕，點擊這個按鈕就可以進行分析了, 除了差異分析外，GEO2R還提供了一些簡單的數據可視化功能。

1.  Value distribution

該選項用箱線圖展示所有樣本中表達量的分布，結果示意如下

2. Profile graph

該選項用于展示某個探針/基因在所有樣本中的分布，結果示意如下

點擊Sample values, 可以看到對應的表達量值，示意如下

GEO2R進行差異分析的步驟如下

1. 定義樣本分組

通過Define groups按鈕定義樣本分組，首先輸入一個group的名字，然后選擇對應的樣本，示意如下

2. 參數調整

通過頁面下方的Options菜單，可以調整差異分析時的參數，示意如下

第一個參數用于選擇多重假設檢驗的P值校正算法，第二個參數表示是否對原始的表達量進行log轉換，第三個參數調整最終結果中展示的對應的platfrom的注釋信息，是基于客戶提供的supplement  file中的信息, 還是使用soft文件中的信息。

3. 執行

點擊如下所示的Top 250按鈕，執行差異分析。

結果示意如下，在頁面上只顯示最顯著的250個差異基因

全部基因的結果可以通過Save all results導出，通過GEO2R, 可以在沒有任何編程基礎的情況下，順序的完成差異分析。

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標題名稱：如何理解對GEO數據庫中的數據進行差異分析的工具GEO2R
新聞來源：http://m.kartarina.com/article8/geciop.html

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