R語言ggplot2怎樣畫帶有空白格的熱圖

 

之前有人在公眾號留言問文章開頭這幅圖如何實現，下面的B圖是折線圖加柱形圖，相對比較容易實現，上面的A圖稍微有點復雜，我想到的辦法是拼圖，圖A可以看成三個熱圖，然后加一個堆積柱形圖，最后將四個圖組合到一起。那就按照這個思路試一下看能不能實現。

首先畫熱圖

這個熱圖和常規的還稍微有點不太一樣，可以簡單的理解為帶有缺失值的熱圖，缺失值是空白格，其他值分別填充顏色。

那我們就按照這個思路來構造數據

 

將數據集按照以上格式整理好，存儲在csv文件中。

df<-read.csv("example_data/ggplot2_heatmap.csv",header=T)

df1<-reshape2::melt(df)

library(ggplot2)
ggplot(df1,aes(x=variable,y=A))+
  geom_tile(aes(fill=value),color="black")+
  theme(panel.background = element_blank())

 

df1$value1<-ifelse(is.na(df1$value),0,df1$value)
df1$value1<-as.factor(df1$value1)
summary(df1)
ggplot(df1,aes(x=variable,y=A))+
  geom_tile(aes(fill=value1),color="black")+
  scale_fill_manual(values = c("white","red","red2","red4"))+
  theme(panel.background = element_blank())

 

這樣是不是和文章開頭提到的圖有點像了。

接下來是美化

df1$A<-factor(df1$A,levels = rev(df$A))
ggplot(df1,aes(x=variable,y=A))+
  geom_tile(aes(fill=value1),color="black")+
  scale_fill_manual(values = c("white","red","red2","red4"))+
  theme(panel.background = element_blank())

 

ggplot(df1,aes(x=variable,y=A))+
  geom_tile(aes(fill=value1),color="black")+
  scale_fill_manual(values = c("white","orangered","red2","red4"))+
  scale_x_discrete(position = "top")+
  theme(panel.background = element_blank(),
        axis.title = element_blank(),
        axis.ticks = element_blank(),
        axis.text.x.top = element_text(angle = 90,
                                       hjust = 0,
                                       vjust= 0.5),
        plot.title = element_text(hjust=0.5),
        legend.position = "none")+
  labs(title = "Plant growth and development")

 

ggplot(df1,aes(x=variable,y=A))+
  geom_tile(aes(fill=value1),color="black")+
  scale_fill_manual(values = c("white","orangered","red2","red4"))+
  scale_x_discrete(position = "top")+
  theme(panel.background = element_blank(),
        axis.title = element_blank(),
        axis.ticks = element_blank(),
        axis.text.x.top = element_text(angle = 90,
                                       hjust = 0,
                                       vjust= 0.5),
        plot.title = element_text(hjust=0.5),
        legend.position = "none")+
  labs(title = "Plant growth and development")+
  geom_text(aes(label=value1,color=value1))+
  scale_color_manual(values = c("white","black","black","black"))